1、产品设计和服务不同：公募基金属于标准化理财产品，而专户理财则走的是差异化、个性化的道路，其主要魅力是基金公司为高端客户提供定制化的服务。　
2、理财目标不同：公募基金的业绩以比较基准来衡量，追求相对超额收益，而专户理财追求的是绝对收益；　
3、费率结构不同：与公募基金固定费率的管理费率相比,专户理财的费率更灵活,一般是“固定+浮动”,即在收取一定费率的基础上提取不高于净收益20%的业绩报酬。　
4、流动性不同：与公募开放式基金随时可以赎回情况不同的是，基金公司在开展专户理财业务时，与投资者签订的资产管理协议期限一般在1年以上，期间不开放或有限开放申购赎回。　
5、募集形式不同：公募基金的募集是不需要投资人签订任何合同的，一对多专户理财则需要资产委托人与资产管理人、资产托管人共同订立书面的资产管理合同，明确约定各自的权利、义务和相关事宜。　
6、投资限制条件和投资策略不同：公募基金投资比例受到一定限制，有最低股票仓位限制，证券组合必须分散，通常以组合制胜；而专户理财在符合法规的前提下，投资股票的仓位限制少，甚至可以空仓，投资比例也相对集中，通常以个股精选制胜。